財政部昨（21）日修正發布房地合一稅相關作業要點，針對「特定股權交易」課稅方式進行重大鬆綁。過去只要公司過半價值來自房地產且股東持股過半，賣股票就得繳房地合一稅。此次修正改採「二階段判斷」，針對 110 年 6 月 30 日以前取得的「舊股權」，若公司不動產也是在 105 年以前取得，只要能舉證長輩取得股權與公司取得土地的「時間點」，將可排除適用新制重稅，對併購案及家族傳承是一大福音。
所謂「特定股權交易」，是指除了上市、上櫃及興櫃公司外，如果股東直接或間接持股超過 50%，且這家公司有 50% 以上的價值是來自台灣境內的房地產，賣掉這類公司的股票時，會被政府認定是在「間接賣房子」，必須繳納房地合一稅。
KPMG 指出，過去的規定非常嚴格，完全沒有考量取得時間的「日出條款」。不論股東是在什麼時候買進股權，或是公司在何時購入不動產，只要交易時符合前述標準，一律都要課稅。這導致許多持有老舊廠房、土地的公司，在股權移轉時面臨極高的稅務成本。
財政部今日修正相關要點，改採「股權取得日」加上「不動產取得日」的二階段判斷：
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新股權： 110 年 6 月 30 日後取得的股權，一律適用新制。
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舊股權： 110 年 6 月 30 日前取得的股權，則看公司內部的房地產是否為 105 年以前取得。如果是老股配上老房地，則可排除在房地合一稅之外。
除了取得時間，計算「房地價值占比」的方法也更有彈性。過去在判斷公司價值時，分子用房地產的「市場價格」，分母卻用會計帳上的「資產淨值」（通常為成本價），這種「時價比成本」的作法容易讓占比莫名超過 50%，導致股東被課重稅。
修正後的規定明確，只要公司能提供客觀合理的證明（如會計師查核、鑑價報告等），分母也可以改用「各項資產時價總額」來計算。這讓計算基礎維持一致，更能反映公司真實的資產結構，避免誤傷並非以炒房為目的的股權交易。
KPMG 安侯建業稅務部執業會計師洪銘鴻表示，這次修正對於尚未結案的案件均可適用。過去許多併購案，買方其實是看中對方的技術或營業價值，卻因公司廠房土地增值，導致稅務負擔過重而談不攏；現在若能證明房地占比未達標，或符合舊制條件，交易將更容易達成。
此外，許多家族企業在安排接班、調整股權時，也常因早期取得的廠房價值大增而動彈不得。在本次修正後，只要能舉證長輩取得股權與公司取得土地的時間點夠早，就能大幅降低稅負壓力。洪銘鴻提醒，複雜的股權調整或組織重組，建議在交易前先洽詢專業人士，甚至向稽徵機關申請解釋，以確保納稅權益。
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